Недовольство охватило различные слои немецкого общества в начале XVI в. Ни императорская власть, ни крупные территориальные князья не могли остановить нараставшее внутри страны революционное движение народных масс и подъём оппозиционных настроений бюргерства и рыцарства. В Германии складывалась революционная ситуация. Оппозиционные течения оставались долгое время разобщёнными. Только тогда, когда на почве широкого общественного подъёма получили большое распространение оппозиционные и революционные идеи в религиозной форме, различные элементы оппозиции стали объединяться. Но и тогда тенденция к объединению всех революционных и оппозиционных элементов в один общий лагерь, противостоящий реакционно-католическому лагерю, проявилась лишь на очень короткое время и скоро уступила место внутреннему расколу и образованию двух больших лагерей — бюргерско-реформаторского и революционного, противостоявших третьему — реакционно-католическому лагерю.
С началом реформационного движения связано выступление Лютера 31 октября 1517 г. с 95 тезисами против индульгенций.
Родившийся в 1483 г. в городе Эйслебене (Саксония) Мартин Лютер вырос в бюргерской среде в обстановке нараставшей в немецких городах оппозиции против католического духовенства. Будучи студентом Эрфуртского университета, Лютер близко познакомился с членами кружка радикальных гуманистов, под влиянием которых он одно время находился. Проникнутый настроениями оппозиционного бюргерства, Лютер вопреки учению католической церкви старался показать, что человек и его светская жизнь не должны рассматриваться как греховные в своей основе и лишённые всякого положительного морально-религиозного содержания.
Лютер провозгласил, что церковь и духовенство не являются посредниками между человеком и богом. Он объявил ложными претензии папской церкви на то, что она может давать людям посредством таинств «отпущение грехов» и «спасение души» в силу особых свойств, которыми она якобы наделена. Основное положение, выдвинутое Лютером, гласит, что человек достигает «спасения» (или «оправдания») не через церковь и её обряды, а при помощи «веры», даруемой ему непосредственно богом. Смысл этого положения заключается не только в непризнании претензий духовенства на господствующее положение в мире, но и в том, что, объявив «веру» человека единственным средством его общения с богом, Лютер вместе с тем утверждал, что и мирская жизнь человека и весь мирской порядок, который обеспечивает человеку возможность отдаваться «вере», составляет важный момент христианской религии. Тем самым он выразил общее стремление бюргерства избавиться от политического и идеологического засилья папской церкви и католического духовенства, придать значение и силу религиозного авторитета мирским учреждениям и светскому государству.
С утверждением, что «вера» является единственным средством спасения души, Лютер связывал другое положение о восстановлении авторитета «священного писания» вместо католического авторитета «священного предания», т. е. авторитета папских декретов, посланий, постановлений церковных соборов и т. д.
Положение Лютера об «оправдании верой», содержавшееся уже в 95 тезисах и развитое им в других его ранних произведениях, могло бы стать в обстановке того времени идеологическим оружием бюргерства в борьбе за утверждение новых начал политического устройства. Однако в лютеровском реформационном учении нашла свое отражение и классовая ограниченность немецкого бюргерства. Лютер не развивал своего учения в том направлении, которое позволило бы сделать вывод о необходимости изменения существовавших порядков в обществе. Любое политическое устройство представлялось Мартину Лютеру необходимым моментом христианской религии: он считал недопустимым всякое революционное выступление против существующего порядка. Следовательно, бюргерский реформатор фактически лишь давал феодальному строю новое религиозное обоснование. Практически лютеровская реформация, отвергшая догмы и обряды в их католическом понимании, означала уменьшение роли духовенства и провозглашение светских отношений — без их изменения по существу — основой внутренней религиозности христиан. Маркс обратил внимание на то, что провозглашенная Лютером внутренняя религиозность так же предназначена для порабощения народа, как и отвергнутая им внешняя религиозность католической церкви. «Лютер, — писал Маркс, — победил рабство по набожности только тем, что поставил на его место рабство по убеждению. Он разбил веру в авторитет, восстановив авторитет веры. Он превратил попов в мирян, превратив мирян в попов. Он освободил человека от внешней религиозности, сделав религиозность внутренним миром человека. Он эмансипировал плоть от оков, наложив оковы на сердце человека». Таким образом, немецкое бюргерство, выступившее в лице Лютера против католической церкви, не решилось заявить о необходимости изменения самих общественных отношений.
При этом разнообразные элементы оппозиции вкладывали в религиозные формулы Лютера свои собственные социальные требования. Особенно это относится к народным массам, которые шли гораздо дальше самого Лютера в понимании тезисов и целей поднятого им реформационного движения и которые не вникали в схоластические тонкости ограничительных толкований Лютера, содержавшиеся в тезисах и в других его богословских сочинениях. В тезисах они видели то, что хотели видеть сами, а не то, что имел в виду их автор. Реформация воспринималась в народных массах как требование не только преобразований в церковных делах, но и социального освобождения.
Поднявшееся в Германии широкое общественное движение не дало возможности римскому папе и высшему католическому духовенству быстро покончить с Лютером, как они того хотели. В обстановке этого движения Лютер занял в первое время твёрдую позицию по отношению к папской курии.
Самым ярким выразителем народного понимания реформации выступил крупнейший деятель крестьянско-плебейского лагеря эпохи Реформации и Великой крестьянской воины — Томас Мюнцер.
Поддерживая в первые годы реформационного движения начатую Лютером борьбу против католической церкви, Мюнцер выступал уже тогда со своим особым толкованием характера и целей этой борьбы. В 1520—1521 гг., участвуя в общей с последователями Лютера борьбе против монахов францисканского ордена в саксонском городе Цвиккау, Мюнцер выступал против ряда положений Лютера и выдвигал вместе с тем основные принципы своего собственного учения. Мюнцер решительно отвергал тезис Лютера о необходимости пассивного смирения в светских делах. Имея в виду Лютера и его сторонников, он резко выступал в Цвиккау против «книжников», которые видят сущность нового учения только в «букве», только в формальном провозглашении авторитета «священного писания», и оставляют нетронутым существующее в мире зло — ограбление народа господами, богачами и князьями. Призывая народные массы к устранению зла — к свержению безбожных князей и уничтожению своих угнетателей, Мюнцер указывал, что в этом заключается основная задача нового, реформационного движения. Он резко выступал против представления о «милосердном» боге, стоящем над миром и требующем от людей смирения и подчинения существующему насилию. Согласно пантеистическим воззрениям Мюнцера, нет бога вне нас самих, вне земного мира Божеству Мюнцер придавал социальное значение. В понятие бога он вкладывал идею подчинения индивидуальных интересов общественным. Ссылки Мюнцера на авторитет «слова божьего» и «священного писания» служили ему аргументом в его пропаганде революционного социального переворота.
Таким образом, уже в 1521 г. общее реформационное движение распалось и определились его особые направления, выражавшие социально-политические интересы разных классов. После того, как в Вормсе был издан императорский эдикт, осудивший его как еретика, Лютер скрылся в замке саксонского курфюрста.
С этого времени лютеровская реформация делается всё в большей и большей степени опорой и орудием реакционных немецких князей. В 1523 г. в сочинении «О светской власти» Лютер показал свою приверженность их политике с предельной ясностью. Какой бы жестокой ни была светская власть, заявлял Лютер, христиане обязаны подчиняться ей беспрекословно и признавать её «священной», потому что она обеспечивает «порядок» и возможность христианского «смирения». Лютер, таким образом, объявил княжеское всевластие опорой Реформации, выразив этим политическую ограниченность той части немецкого бюргерства XVI в., которое в момент нарастания революционного движения против феодализма цеплялось за существующие порядки как за единственную основу возможных реформ. Вскоре после восстания Лютера, выступившего против индульгенций, Хульдрих Цвингли (1484–1531), священник кафедрального собора в Цюрихе, в своих проповедях начал критиковать индульгенции и «римские суеверия». Швейцарские кантоны, хотя номинально и входили в Священную Римскую империю германской нации, в действительности являли собой независимые государства, объединенные в союз для общей обороны, и управлялись советом, избранным народом. Добившись поддержки городских властей Цюриха, Цвингли уже без труда мог вводить там реформированную систему церковной организации и богослужения.
После Цюриха Реформация началась в Базеле, а затем в Берне, Санкт-Галлене, Граубюндене, Валлисе и других кантонах. Католические кантоны, во главе с Люцерном, прилагали все силы, чтобы воспрепятствовать дальнейшему распространению движения, в результате чего вспыхнула религиозная война, закончившаяся т.н. Первым Каппельским мирным соглашением (1529), которое гарантировало каждому кантону свободу религии. Однако во Второй Каппельской войне протестантская армия была разгромлена в битве при Каппеле (1531), в которой пал сам Цвингли. Заключенный после этого Второй Каппельский мир восстановил католичество в кантонах со смешанным населением.
Теология Цвингли, хотя он и разделял основоположный лютеровский принцип оправдания только верой, отличалась во многих пунктах от теологии Лютера, и оба реформатора так и не смогли прийти к согласию. По этой причине, а также ввиду несходства политических ситуаций Реформация в Швейцарии и Германии пошла разными путями.