В 1556 г. Карл, потерпевший поражение в борьбе с немецкими протестантскими князьями и убедившийся в провале своих фантастических планов создания мировой империи, отрёкся от императорского и в том же году — от испанского престола. Карл разделил свои владения: империя досталась его брату Фердинанду; королём Испании стал его сын Филипп II (1556—1598), унаследовавший также Франш-Конте и Нидерланды, испанские владения в Италии и в Америке.
Наступил один из самых мрачных периодов испанской истории, когда с особой силой проявились все худшие стороны сложившегося в Испании режима. Филипп фанатически преследовал одну цель — торжество католицизма и беспощадное истребление еретиков. Он стремился добиться неограниченного господства над подданными своих обширных владений. В стране царил режим террора. Страшным орудием абсолютизма стала испанская инквизиция, превратившаяся по существу в часть государственного аппарата. Подчиняясь только королю, она пользовалась почти неограниченной властью. Жестоким преследованиям инквизиции подвергались мориски. Им запрещалось носить старинные костюмы, говорить, читать и писать по-арабски. В 1568 г. мориски Андалусии подняли восстание, которое было подавлено только в 1571 г., причём мужчин поголовно истребляли, а женщин и детей тысячами продавали в рабство.
За время царствования Филиппа в Испании было устроено во славу католической церкви более 100 аутодафе; во время некоторых из них на кострах сжигали по 80—90 человек. Филипп II перенёс столицу из Толедо в Мадрид и почти постоянно находился в своём мрачном дворце, построенном около Мадрида,— Эскориале. Стремясь сосредоточить в своих руках всё управление страной, он вмешивался в работу государственных органов и единолично решал все, даже незначительные, вопросы. Чрезвычайно разросшийся бюрократический аппарат требовал на своё содержание колоссальных средств, а в делах управления царил хаос.
Воспользовавшись тем, что во время военной экспедиции в Северную Африку погиб португальский король, не оставивший прямых наследников, Филипп добился в 1581 г. присоединения Португалии и её огромных колониальных владений к Испании. На время Пиренейский полуостров превратился в единое государство.
Проводившаяся Филиппом централизаторская политика вызвала в 1591 г. восстание горожан и дворян Сарагосы, защищавших вольности Арагона, который всё ещё сохранял значительную степень самостоятельности. Филипп впервые ввёл на территорию Арагона кастильские войска и жестоко расправился с восставшими, истребив все оппозиционно настроенные группировки среди дворянства и жителей Сарагосы. Он установил и в этой провинции свою неограниченную власть.
Продолжая политику своего отца, Филипп возглавил европейскую католическую реакцию: он мечтал подчинить при помощи испанских солдат и инквизиции все государства Европы своей власти или влиянию и искоренить в них еретиков — будь то французские гугеноты, нидерландские кальвинисты или анабаптисты, немецкие протестанты или сторонники англиканской церкви. Но попытка утвердить гегемонию феодальной Испании в период образования и усиления национальных государств была обречена на неудачу. В 60-х годах XVI в. против испанского абсолютизма восстали Нидерланды, и в результате длительной и ожесточённой борьбы, дорого стоившей Испании, она потеряла богатые северные Нидерланды.
Позорным поражением окончилась и борьба Филиппа II с Англией — главной соперницей Испании па морях. Заговоры шотландской королевы Марии Стюарт, поддерживаемые Филиппом, были раскрыты. Громадный испанский флот, посланный к берегам Англии и заранее названный «Непобедимой армадой», был полностью разгромлен в августе 1588 г. небольшим, но отличным по своим мореходным и боевым качествам английским флотом. Вскоре Филипп вмешался в гражданскую войну во Франции, послав войска для борьбы с гугенотами в Нормандию, Бретань, Лангедок и другие районы. В 1591 г. в Париж был введён постоянный испанский гарнизон. Филипп рассчитывал выдать свою дочь замуж за того или иного претендента на королевский престол и сделать её королевой Франции. Но после вступления в Париж в 1594 г. вождя гугенотов и врага Испании Генриха IV Наваррского испанским войскам пришлось покинуть столицу Франции. Война продолжалась ещё несколько лет и закончилась миром, выгодным для Франции (1598 г.). Планы Филиппа вновь потерпели крушение.
Филипп продолжал вести борьбу с турками. В 1560 г. он направил флот к берегам Северной Африки для того, чтобы вернуть Испании незадолго до этого утраченный Триполи и, укрепившись там, помешать туркам проникнуть в Западное Средиземноморье. Но быстро подоспевший турецкий флот наголову разбил испанскую армаду. Авантюристическая политика Филиппа поглощала огромные средства, извлекаемые из Испании, и тяжелым бременем ложилась на истощенную страну. Время правления Филиппа II стало временем быстрого экономического упадка Испании.
Испанский абсолютизм. Абсолютная монархия в Испании имела весьма своеобразный характер. Централизованный и подчиненный единоличной воле монарха или его всесильных временщиков государственный аппарат обладал значительной долей самостоятельности. В своей политике испанский абсолютизм ориентировался на интересы феодального класса и церкви. Особенно отчетливо это проявилось в период экономического упадка Испании, последовавшего во второй половине XVI в. По мере спада торговой и промышленной деятельности городов внутренний обмен сокращался, ослабевало общение жителей разных провинций между собой, пустели торговые пути. Ослабление экономических связей обнажало старые феодальные особенности каждой области, воскрешался средневековый сепаратизм городов и провинций страны. В сложившихся условиях в Испании не выработался единый национальный язык, по-прежнему сохранялись обособленные этнические группы: каталонцы, галисийцы и баски говорили на своих языках, отличных от кастильского диалекта, который составил основу литературного испанского языка. В отличие от других государств Европы абсолютная монархия в Испании не сыграла прогрессивной роли и не смогла обеспечить подлинной централизации.