Исходным пунктом учения Кальвина была мысль, сформулированная в знаменитой фразе, открывающей Institutio: «Вся наша мудрость, поскольку она вообще заслуживает имени мудрости и является надежной и достоверной, складывается из двух основных вещей: познания Бога и познания самих себя». Познание себя и познание Бога взаимообусловлены, однако первенство следует отдать познанию Бога. По мнению Кальвина, это познание – semen religionis («семя религии») – посеяно в каждом человеке, даже – язычнике. Однако этого недостаточно – не потому, что Бог далек от человека, а потому, что человек далек от Бога. Поэтому естественная теология (познание Бога на основе познания природы и истории) не обеспечивает истинного познания Бога; такое знание мы получаем лишь там, где сам Бог отверзает уста (иными словами, из божественного Откровения, запечатленного в Ветхом и Новом Завете). Демократию Кальвин считал «наихудшей формой правления». Все свои симпатии он отдавал аристократической форме правления, т. е. по существу олигархии. Как компромиссное решение он допускал её сочетание с «умеренной демократией».
В соответствии с этими взглядами Кальвина власть в Женеве всё больше и больше сосредоточивалась в руках узкой группы лиц. Когда же кальвинизм вышел на широкую общеевропейскую арену и стал идеологическим знаменем ранних буржуазных революций, вопрос о характере политической и церковной организации решался по-разному, в зависимости от конкретной расстановки классовых сил и местных условий.
Жестоко ненавидел и преследовал Кальвин крестьянско-плебейскую ересь — анабаптизм. Требование крайних анабаптистов об установлении общности имуществ и отрицание ими властей он оценивал как «присвоение чужого» и «возмутительную дикость» .
В то же время Кальвин оправдывал взимание процента и ростовщичество, считал закономерным существование самой жестокой формы эксплуатации человека человеком — рабства, которое стало получать всё более широкое применение в колониях.
В Женеве была создана консистория, фактически подчинившая себе светскую власть и учредившая придирчивый полицейский надзор за поведением и жизнью горожан. Всем вменялось в обязанность посещение церковной службы, были запрещены танцы, игры, песни и ношение нарядных платьев. За нарушение этих правил, за леность и чревоугодие виновные привлекались к суду и подвергались наказаниям.
Это было временем наивысшего могущества Кальвина, когда и женевская церковь и магистрат полностью склонялись перед его авторитетом.
Кальвинистская консистория столь же нетерпимо, как и католическая церковь, относилась ко всякому проявлению инакомыслия, особенно если имела место оппозиция народных масс (в частности, анабаптизм). Недаром Женева слыла протестантским Римом, а Кальвина нередко называли женевским папой.
Иначе сложились судьбы кальвинизма. Женева была для него лишь обусловленным рядом причин трамплином. Будучи объективно религией самой смелой части тогдашней буржуазии, кальвинизм во всех своих социально-идеологических приоритетах, поведенческих нормативах, моральном кодексе выражал потребности не швейцарской кантональной провинциальности, а общеевропейского исторического процесса. Поэтому и противоположность цвинглианству он вышел на европейскую арену. В условиях острого противоборства между силами прогресса и феодальной реакции республиканизм и организационные принципы кальвинизма использовались французскими дворянскими гугенотами для борьбы против абсолютизма, польскими панами — для атак на королевскую власть. Вместе со своими адептами кальвинизм перемещался и в колониальные владения европейских стран.