Энергичная защита Мюнцером насущных нужд широки масс народа сделала его вождём крестьянско-плебейского лагеря, перешедшего в 1524 г. к открытой борьбе. Великая крестьянская война, явившаяся высшим выражением классовой борьбы немецкого крестьянства, была в то же время кульминационным пунктом всего общественного движения той эпохи. Крестьянская война началась в Южном Шварцвальде и в соседних землях Верхнего Рейна и Верхнего Дуная, являвшихся ещё в XV и начале XVI в. районом наиболее интенсивного крестьянского движения. Первые события Крестьянской войны относятся к лету 1524 г. В ландграфстве Штюлинген, северо-восточнее города Вальдсхута на Верхнем Рейне, крестьяне деревень Бопдорф, Эвантинген, Ботмаринген и других восстали против своих феодалов графов фон Лупфен. Вслед за этим выступили ещё более многочисленные группы крестьян в землях между Верхним Рейном и Верхним Дунаем — Гегау, Клетгау, Баар и в Южном Шварцвальде. Во всех этих землях крестьяне предъявляли феодалам жалобы, в которых излагались возмутившие их факты усиления феодального гнёта. В октябре 1524 г. весь район Верхнего Рейна и Южного Шварцвальда был уже охвачен восстанием. В ряде мест крестьяне отказывались от выполнения феодальных повинностей и стали собираться в мелкие и более крупные отряды.
В конце 1524 г. (или в январе 1525 г.) составлена была здесь, в кругу Мюнцера, первая программа революционного крестьянства, известная под названием «Статейное письмо» (Artikelbrief), предназначенная служить введением ко всем разнообразным местным требованиям и жалобам крестьянских общин. «Статейное письмо» было первой общей программой восставшего крестьянства, сформулировавшей антифеодальные цели его борьбы и указавшей главные вражеские очаги, против которых должны быть направлены силы всего народа. К тому же программа была составлена в боевом духе, не допускающем компромисса. Воспользовавшись внутренними разногласиями среди крестьян, магистрат Виллингена 13 декабря 1524 г. послал войско, которое напало внезапно на революционный отряд Брегской долины и разбило его. Это было первое кровавое столкновение между восставшими крестьянами и их господами. Надежды виллингенского магистрата и других господ этого района Верхнего Рейна на быстрое подавление восстания не оправдались. Отряд брегских крестьян вновь возродился. Такие быстро формирующиеся отряды действовали во всём этом районе, объединяясь между собою и с крестьянами соседних районов.
Первые вооружённые выступления крестьян, положившие начало Крестьянской войне в Верхней Швабии, произошли в феврале 1525 г. в районе Кемптена и Кауфбейрена, в Альгау. Первыми поднялись крестьяне Кемптенского монастыря, которые уже ранее находились в постоянной борьбе с аббатами, проводившими политику их насильственного закрепощения.
В конце 1524 и начале 1525 г. крестьяне составили перечень своих жалоб против кемптенского аббата. Однако их борьба вылилась в более высокую форму в феврале 1525 г., когда волна крестьянских волнений и пропаганда сторонников Мюнцера дошла до Альгау. Кемптенские крестьяне собрались у Луибаса и решили отказаться от судебного разбирательства, поднятого против аббата дела. Крестьяне завладевали многими замками и монастырями и разрушали их.
Такие же события развернулись в конце февраля и в начале марта по всей Верхней Швабии, в районе между Боденским озером и Верхним Дунаем. Всюду возникали крестьянские лагеря и отряды, разрушались монастыри и дворянские замки.
И даже после того, как в начале марта 1525 г. три главных отряда Верхней Швабии образовали «Христианское объединение», не было достигнуто единства в вопросе о понимании «божественного права». Главные руководители «Христианского объединения», придерживавшиеся умеренной тактики, вступили в переговоры со Швабским союзом о перемирии, которого добивались господа с целью выигрыша времени и завершения своей военной подготовки. Но крестьянские массы действовали в духе «Статейного письма», разрушали дворянские замки и монастыри, устанавливали контакты с городскими низами и разоблачали вероломные планы Швабского союза.
В кругах умеренных руководителей составлена была тогда сводка крестьянских требований, обобщённая на основе «божественного права» в его умеренной трактовке и подкреплённая с помощью некоторых цвинглианских проповедников ссылками на «священное писание». Как мы видим, «12 статей» касались самых злободневных вопросов крестьянской жизни, являвшихся объектом многовековой борьбы.
Вероломное нападение Трухзеса на Лейпгеймский лагерь вызвало новую мощную волну революционных выступлений крестьянских масс, которые вышли далеко за пределы Верхней Швабии и Шварцвальда, распространяясь по всей Средней Германии. Отдельные отряды революционных крестьян оказывали Трухзесу ожесточённое сопротивление. В горных районах Трухзес вынужден был прибегать к длительной позиционной войне. У городка Вейнгартен, севернее Боденского озера, Трухзес, зажатый крестьянскими отрядами, почувствовал, по его собственному признанию, опасность военной катастрофы.
Разбив в конце апреля 1525 г. основные силы верхнешвабских крестьян, Трухзес направился на север — в сторону Франконии и Тюрингии, где создавались новые очаги движения.
Во Франконии весной 1525 г. также образовались расположившиеся лагерями крупные крестьянские отряды. Сторонники революционной тактики пользовались среди массы восставших большим влиянием и составляли значительную силу в крестьянских отрядах Франконии. Яков Рорбах предводитель крестьян Неккарской долины, представлявший собой яркий пример крестьянского революционера времён Великой крестьянской войны, возглавил решительные действия по подавлению сопротивления франконского рыцарства.
В это время Мюнцер, находясь в Тюрингии, предпринял героическую попытку объединить все силы восставших народных масс деревень и городов на основе революционной тактики. Город Мюльхаузен в Тюрингии, в котором Мюнцер находился с февраля 1525 г.— после своего возвращения из Верхней Германии, сделался центром народного восстания в Тюрингии и Саксонии. Восставшие действовали во многих пунктах этих земель, вооружённые отряды занимали города, замки, господские имения и монастыри. Господскую землю и добро крестьяне, по указанию Мюнцера, делили между собой. Крестьяне питали к Мюнцеру большое доверие и советовались с ним по всем вопросам борьбы с феодалами и по своим хозяйственным делам. Стремясь сделать Саксонско-Тюрингенский район восстания центром всей Крестьянской войны, Мюнцер старался разъяснить крестьянам смысл происходящих событий, которые он рассматривал как начало борьбы за установление общего равенства людей во всей Германии и за её пределами.
В середине мая 1525 г. около Франкенхаузена в Тюрингии разыгрался неравный бой между княжеской конницей, вооруженной артиллерией, и сконцентрировавшимися здесь крестьянскими отрядами, фактически безоружными. Это был по существу самый героический и вместе с тем самый безнадежный акт Великой крестьянской войны. Исход неравной борьбы был предрешен. Крестьяне были разбиты под Франкенхаузеном. Мюнцер попал в руки князей, которые казнили ею после мучительных пыток. Разгром франкенхаузенского лагеря и гибель Томаса Мюнцера были концом Крестьянской войны. Боевые действия крестьян после этого продолжались лишь в отдельных районах После того как были разбиты последние сопротивлявшиеся группы крестьян в горных районах Австрии, всюду начались преследования и массовые казни участников восстания. Причину поражения великого восстания немецкого крестьянства в XVI в. Энгельс видел в разрозненности крестьянских выступлений и неумении всех слоев оппозиция возвыситься над местными и провинциальными интересами, в том, что даже крестьяне и плебеи в большинстве районов Германии не смогли объединиться для совместных действий.