Длительная кровавая междоусобица второй половины XVI в., известная под названием «религиозных войн» (или гугенотских войн), не была случайным явлением в истории Франции. Причины этих войн были чрезвычайно сложны, религиозная же оболочка прикрывала, как и в других странах Европы XVI в., классовые интересы борющихся сторон.
Происходивший во французской деревне процесс дифференциации имел своим следствием обнищание значительных масс крестьянства, которое привело к их частичной экспроприации. В то же время наёмные рабочие, как города, так и деревни страдали от понижения реальной заработной платы в условиях «революции цен», проявившейся во Франции весьма интенсивно.
Назревало возмущение задавленных непосильной нуждой народных масс. Росло недовольство буржуазии. Одновременно усиливалась оппозиция в среде мелкого и среднего дворянства. Знать была недовольна централизацией государства и оттеснением вельмож от политических дел. Народ боролся против феодального строя в целом; буржуазия жаждала более благоприятных условий для своего обогащения. Знать желала приостановить дальнейшее развитие централизации, а дворянство, хотя и не являлось противником централизации, было недовольно внутренней и внешней политикой династии Валуа и подчас готово было на время примкнуть к оппозиционно настроенной знати.
В период же 60—70-х годов против королевской власти открыто выступило сперва южное старое дворянство, затем буржуазия южных городов, причём ярко сказались ещё не изжитые сепаратистские тенденции южных провинций и ревниво оберегавших свои средневековые вольности южнофранцузских юродов.
Гражданские войны второй половины XVI в., одной из основных причин которых являлись характерные для этого периода социально-экономические процессы, в свою очередь оказали немалое разрушающее воздействие на экономическое состояние Франции (разорение городов, разбой в деревнях и на дорогах, убыль населения и т. д.). Важно отметить, что экономический упадок сказался ещё до начала междоусобицы, особенно на Юге.
Французский престол в 1559—1589 гг. был последовательно занят тремя слабыми и неспособными к управлению королями, сыновьями Генриха II: Франциском II (1559—1560), Карлом IX (1560—1574) и Генрихом III (1574—1589), на которых имела сильное влияние их мать Екатерина Медичи (1519—1589), полуфранцуженка, полуитальянка (по матери она происходила из французской знати).
Борьба между католиками и гугенотами началась так называемыми убийствами в Васси. Весной 1562 г. Франсуа Гиз, проезжая со своей свитой через местечко Васси, напал на гугенотов, собравшихся на богослужение. Было убито несколько десятков человек и около 200 ранено. Это событие привело к открытой войне между гугенотами и католиками. В течение последующих 30 лет было десять войн, перерывы между которыми длились от нескольких месяцев до нескольких лет. И католические и гугенотские дворяне пользовались военной обстановкой для того, чтобы грабить горожан и крестьян.
Вплоть до 1572 г. Екатерина Медичи искусно маневрировала между католическим и протестантским дворянскими лагерями, которые ослабляли друг друга взаимной борьбой. За это время трижды вспыхивала война между гугенотами и католиками; и те и другие искали поддержки за границей и шли ради этого на прямое предательство жизненных интересов своей родины. Католическая знать поспешила сблизиться с недавним открытым врагом Франции — Испанией.
Этот этап завершился наиболее кровавым эпизодом гражданских войн, знаменитой Варфоломеевской ночью — массовой резнёй гугенотов в Париже в ночь на 24 августа (праздник св. Варфоломея) 1572 г. фанатизированной толпой католиков. Резня была политическим актом, задуманным Екатериной Медичи. Королева рассчитывала воспользоваться массовым стечением гугенотского дворянства в столице по случаю свадьбы их главы, Генриха Наваррского, с сестрой короля Маргаритой, чтобы перебить вождей и наиболее видных представителей партии гугенотов, которая к этому времени очень усилилась на Юге. Правой рукой королевы при подготовке Варфоломеевской ночи стал Генрих Гиз, лично руководивший истреблением своих политических противников. Подобные же кровавые события разыгрались в других городах — в Орлеане, Труа, Руане, Тулузе, Бордо. Жертвами резни пали тысячи гугенотов, в том числе такие видные вожди этой партии, как адмирал Колиньи.
Но последствия Варфоломеевской ночи оказались иными, чем ожидала Екатерина Медичи. Вскоре вспыхнула новая война между обоими лагерями. Весь Юг, включая и его католическое меньшинство, образовал к 1576 г. так называемую гугенотскую Конфедерацию: республику городов и дворян со своим представительным органом, своими финансами и армией. Города-крепости Ла-Рошель, Монпелье, Монтобан и др. давали денежные средства и являлись опорными укреплёнными пунктами; многочисленное мелкое дворянство составляло военную силу. Это означало фактическое отделение Юга от северной части страны, где находилось центральное правительство.
С середины 70-х годов усилилось антифеодальное движение народных масс. Почти одновременно вспыхнули крестьянские волнения в Оверни, Нижней Нормандии, Дофине и других провинциях. Широкое движение в городах, направленное против династии Вапуа, вдохнуло жизнь и в Католическую лигу, влачившую до середины 80-х годов жалкое существование. Она превратилась в 1585 г. в широкую конфедерацию северных городов и северного дворянства, военным главой которой стал герцог Генрих Гиз, заявивший претензии на французский престол (в качестве преемника бездетного Генриха III). Главную ставку партия Гизов делала на средние круги населения Парижа и других городов Севера, находившихся в идейном плену у фанатических представителей католического духовенства.
Франция не только распалась на две части (это произошло ещё в 1576 г.), но и Север страны также порвал с королевской властью. Правительство потерпело полный крах. Постоянное брожение в народных массах Парижа, задавленных тяжестью налогов, демагогически было использовано партией Гизов для борьбы с Генрихом III. Гизу удалось поднять против короля парижских ремесленников, лавочников, матросов и подёнщиков, которые массами вливались в Лигу с 1585 г. Испуганный король распустил Лигу. Тогда 12 и 13 мая 1588 г. в Париже вспыхнуло восстание, на улицах города стали строиться баррикады, которые постепенно приближались к дворцу и грозили королю полным окружением. Король, у которого остались только наёмники, бежал в Шартр и стал искать помощи у своего врага Генриха Наваррского. В начале 90-х годов почти во всей стране вспыхнули массовые крестьянские восстания. В 1592 г. началось большое восстание крестьян, известное под названием восстания «кроканов». В 1594—1596 гг. оно охватило уже обширную территорию на юго-западе — Керси, Перигор, Сешонж, Пуату, Марш и др. Крестьяне объединялись в многотысячные вооружённые отряды, выбирали из своей среды предводителей и должностных лиц, завязывали сношения с бедняками городов. Они осаждали дома и усадьбы дворян и сурово карали дворян, заявляя, что более не намерены терпеть их вымогательств, а также откупщиков и сборщиков налогов, которым они дали презрительную кличку «кроканы» (грызуны). Их лозунг гласил: «На грызунов!»; возможно, что по этой причине восставших позднее стали называть «кроканами». Таким образом, крестьяне выступали как против феодального гнёта своих сеньоров, так и против налогового бремени государства.